IMAPI 支持三种文件系统格式：ISO 9660、Joliet和 UDF。
ISO 9660
ISO 9660 格式是 CD 数据光盘的原始标准文件系统。 该格式在多个作系统上识别，包括 MSDOS、Mac OS、UNIX 和 Windows作系统。 ISO 9660 格式由国际标准化组织（ISO）发布。
格式从扇区 16 开始，其中包含卷标头 CD0001;标头的其余部分紧随其后。 其他派生格式也从扇区 16 开始，但对卷标头使用另一个字符串。 例如，High Sierra 光盘使用字符串 CD-ROM0001，光盘交互格式使用 CD-I0001。
标头指向以 ISO 9660 格式存储文件名的光盘区域。 文件和目录命名约定包含 8 个字符、句点和 3 个字符。 这是 MSDOS作系统使用的同一命名约定。
对于 Joliet 和 UDF 等格式，其他文件系统标头可以在光盘上共存，而不会影响 ISO 9660 格式的可读性。 索引后，一组数据文件占用光盘。每个文件系统的索引单独引用光盘上的数据文件。
ISO 9660 规范定义了三个级别的格式：
- 级别 1 定义文件名以使用 8.3 字符格式。
- 级别 2 允许更长的文件名，如 DOS 6.xx、MacIntosh 和 UNIX 平台上所示。
- 级别 3 允许交错数据和音频文件来提高检索（播放）性能。 此级别还会删除 2GB 文件限制。 此级别 映像主控 API 不支持。
DVD 光盘还可以使用 ISO 9660;但是，UDF 文件系统是与 DVD 媒体一起使用的最普遍文件系统。
Joliet
Joliet 格式是 ISO 9660 的派生体。 除了 ISO 9660 文件系统索引外，此格式还会将 Joliet 文件系统索引写入光盘映像。
Joliet 索引为文件系统索引提供以下改进：
- 识别最多 32 个字符的长文件名。
- 区分文件名中的大写字母和小写字母。
- 支持文件名中的 Unicode 字符。
Joliet 格式标头从光盘的第 17 扇区开始。
由于 Joliet 格式在光盘上保留 ISO 9660 文件系统，因此会保留与 ISO 9660 兼容设备的兼容性。
通用磁盘格式 （UDF）
通用磁盘格式（UDF）是光存储技术协会（OSTA）为光学媒体开发的较新的文件系统。 UDF 是一种可移植格式，由多个作系统识别。 UDF 正在将 ISO 9660 替换为新标准，尤其是使用读/写媒体。
UDF 的功能包括：
- 支持最大大小为 2TB 的媒体。
- 支持闪存媒体、Iomega REV 光盘和 CD-MRW 光盘。
- 在文件条目块中存储长度小于 2 KB 的文件。
- 支持最多 2TB 的文件，文件名最长为 255 个字符。
- 支持一组适合各种作系统的丰富文件属性。
- 支持 ISO 9660、Joliet 和 UDF 格式都驻留在同一光盘上的桥格式。这用于视频应用程序，例如 DVD-Video、DVD+VR 和 DVD-VR。
- 支持命名流和“实时”文件。