通过

在 Azure 中创建 HPC Pack Linux RDMA 群集

使用 ARM 模板部署群集

运行 Intel MPI 基准 Pingpong

  • 登录头节点 hpc6267 并联机获取节点

    节点

  • 提交作业以在 Linux 计算节点之间运行 MPI Pingpong

    job submit /numnodes:2 "source /opt/intel/impi/`ls /opt/intel/impi`/bin64/mpivars.sh && mpirun -env I_MPI_FABRICS=shm:dapl -env I_MPI_DAPL_PROVIDER=ofa-v2-ib0 -env I_MPI_DYNAMIC_CONNECTION=0 -env I_MPI_FALLBACK_DEVICE=0 -f $CCP_MPI_HOSTFILE -ppn 1 IMB-MPI1 pingpong | tail -n30"

  • 自动生成 MPI 任务的主机文件或计算机文件

    • 可以在任务命令中使用环境变量 $CCP_MPI_HOSTFILE 来获取文件名

    • 可以设置环境变量 $CCP_MPI_HOSTFILE_FORMAT 以指定主机文件或计算机文件的格式

      • 默认主机文件格式如下所示：

        nodename1
nodename2
…
nodenameN

      • 当 $CCP_MPI_HOSTFILE_FORMAT=1，格式如下所示：

        nodename1:4
nodename2:4
…
nodenameN:4

      • 当 $CCP_MPI_HOSTFILE_FORMAT=2，格式如下所示：

        nodename1 slots=4
nodename2 slots=4
…
nodenameN slots=4

      • 当 $CCP_MPI_HOSTFILE_FORMAT=3，格式如下所示：

        nodename1 4
nodename2 4
…
nodenameN 4

  • 在 HPC Pack 2016 群集管理器中检查任务结果

    pingpong

运行 OpenFOAM 工作负荷

下载并安装 Intel MPI

  • Intel MPI 已安装在 Linux 映像CentOS_7.4_HPC中，但生成 OpenFOAM 需要更新的版本，可以从 Intel MPI 库下载它

  • 使用 clusrun 下载并无提示安装 Intel MPI

    clusrun /nodegroup:LinuxNodes /interleaved "wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/tec/13063/l_mpi_2018.3.222.tgz && tar -zxvf l_mpi_2018.3.222.tgz && sed -i -e 's/ACCEPT_EULA=decline/ACCEPT_EULA=accept/g' ./l_mpi_2018.3.222/silent.cfg && ./l_mpi_2018.3.222/install.sh --silent ./l_mpi_2018.3.222/silent.cfg"

下载并编译 OpenFOAM

  • 可以从 OpenFOAM 下载页下载 OpenFOAM 包

  • 在生成 OpenFOAM 之前，我们需要在 zlib-devel Linux 计算节点（CentOS）上安装和Development Tools更改变量WM_MPLIB的值，从 SYSTEMOPENMPI OpenFOAM 环境设置文件中bashrc更改为INTELMPI源 Intel MPI 环境设置文件和 mpivars.sh OpenFOAM 环境设置文件bashrc

  • （可选）可以设置环境变量 WM_NCOMPPROCS 来指定用于编译 OpenFoam 的处理器数，这可能会加速编译

  • 使用 clusrun 实现上述所有目标

    clusrun /nodegroup:LinuxNodes /interleaved "yum install -y zlib-devel && yum groupinstall -y 'Development Tools' && wget https://sourceforge.net/projects/openfoamplus/files/v1806/ThirdParty-v1806.tgz && wget https://sourceforge.net/projects/openfoamplus/files/v1806/OpenFOAM-v1806.tgz && mkdir /opt/OpenFOAM && tar -xzf OpenFOAM-v1806.tgz -C /opt/OpenFOAM && tar -xzf ThirdParty-v1806.tgz -C /opt/OpenFOAM && cd /opt/OpenFOAM/OpenFOAM-v1806/ && sed -i -e 's/WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI/WM_MPLIB=INTELMPI/g' ./etc/bashrc && source /opt/intel/impi/2018.3.222/bin64/mpivars.sh && source ./etc/bashrc && export WM_NCOMPPROCS=$((`grep -c ^processor /proc/cpuinfo`-1)) && ./Allwmake"

在群集中创建共享

  • 创建在头节点上命名openfoam的文件夹，并将其EveryoneRead/Write与权限共享

  • 使用 clusrun 在 Linux 计算节点上创建目录 /openfoam 并装载共享

    clusrun /nodegroup:LinuxNodes "mkdir /openfoam && mount -t cifs //hpc6267/openfoam /openfoam -o vers=2.1,username=hpcadmin,dir_mode=0777,file_mode=0777,password='********'"

    请记得在复制时替换上述代码中的用户名和密码。

准备用于运行 MPI 任务的环境设置文件

  • 使用代码在共享中创建文件 settings.sh ：

    #!/bin/bash
# impi
source /opt/intel/impi/2018.3.222/bin64/mpivars.sh
export MPI_ROOT=$I_MPI_ROOT
export I_MPI_FABRICS=shm:dapl
export I_MPI_DAPL_PROVIDER=ofa-v2-ib0
export I_MPI_DYNAMIC_CONNECTION=0
# openfoam
source /opt/OpenFOAM/OpenFOAM-v1806/etc/bashrc

    如果文件在头节点上编辑，则应注意行尾，而不是\n\r\n

为 OpenFOAM 作业准备示例数据

  • 将 OpenFOAM 教程目录中的示例 sloshingTank3D 复制到共享 openfoam

  • （可选）修改 deltaT from 0.050.5 和 from 0.05 到 0.5 in /openfoam/sloshingTank3D/system/controlDict 的值writeInterval以加速数据处理

  • 根据要使用的核心编号修改文件 /openfoam/sloshingTank3D/system/decomposeParDict ，请参阅 OpenFOAM 用户指南：3.4 并行运行应用程序

    /*--------------------------------*- C++ -*----------------------------------*\
| =========                 |                                                 |
| \\      /  F ield         | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox           |
|  \\    /   O peration     | Version:  v1806                                 |
|   \\  /    A nd           | Web:      www.OpenFOAM.com                      |
|    \\/     M anipulation  |                                                 |
\*---------------------------------------------------------------------------*/
FoamFile
{
    version     2.0;
    format      ascii;
    class       dictionary;
    object      decomposeParDict;
}
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //

numberOfSubdomains 32;

method          hierarchical;

coeffs
{
    n           (1 1 32);
    //delta       0.001; // default=0.001
    //order       xyz;   // default=xzy
}

distributed     no;

roots           ( );

// ************************************************************************* //

  • 在 . 中 /openfoam/sloshingTank3D准备示例数据 在 Linux 计算节点上手动执行以下代码时可以使用以下代码：

    cd /openfoam/sloshingTank3D
source /openfoam/settings.sh
source /home/hpcadmin/OpenFOAM/OpenFOAM-v1806/bin/tools/RunFunctions
m4 ./system/blockMeshDict.m4 > ./system/blockMeshDict
runApplication blockMesh
cp ./0/alpha.water.orig ./0/alpha.water
runApplication setFields

  • 提交作业以实现上述所有目标

    set CORE_NUMBER=32
job submit "cp -r /opt/OpenFOAM/OpenFOAM-v1806/tutorials/multiphase/interFoam/laminar/sloshingTank3D /openfoam/ && sed -i 's/deltaT          0.05;/deltaT          0.5;/g' /openfoam/sloshingTank3D/system/controlDict &&  sed -i 's/writeInterval   0.05;/writeInterval   0.5;/g' /openfoam/sloshingTank3D/system/controlDict && sed -i 's/numberOfSubdomains 16;/numberOfSubdomains %CORE_NUMBER%;/g' /openfoam/sloshingTank3D/system/decomposeParDict && sed -i 's/n           (4 2 2);/n           (1 1 %CORE_NUMBER%);/g' /openfoam/sloshingTank3D/system/decomposeParDict && cd /openfoam/sloshingTank3D/ && m4 ./system/blockMeshDict.m4 > ./system/blockMeshDict && source /opt/OpenFOAM/OpenFOAM-v1806/bin/tools/RunFunctions && source /opt/OpenFOAM/OpenFOAM-v1806/etc/bashrc && runApplication blockMesh && cp ./0/alpha.water.orig ./0/alpha.water && runApplication setFields"

创建包含要处理日期的 MPI 任务的作业

  • 创建作业并添加 4 个依赖任务

    任务名称 从属任务 核心 指令 环境变量
    task1 无 1 source /openfoam/settings.sh && decomposePar -force 无
    task2 task1 32 source /openfoam/settings.sh && mpirun -machinefile $CCP_MPI_HOSTFILE interFoam -parallel CCP_MPI_HOSTFILE_FORMAT=1
    task3 task2 1 source /openfoam/settings.sh && reconstructPar 无
    task4 task3 32 source /openfoam/settings.sh && mpirun -machinefile $CCP_MPI_HOSTFILE 泡沫ToEnsight -parallel CCP_MPI_HOSTFILE_FORMAT=1

  • 将工作目录/openfoam/sloshingTank3D设置为每个任务的标准输出${CCP_JOBID}.${CCP_TASKID}.log

  • 使用命令实现上述所有作：

    set CORE_NUMBER=32
job new
job add !! /workdir:/openfoam/sloshingTank3D /name:task1 /stdout:${CCP_JOBID}.${CCP_TASKID}.log "source /openfoam/settings.sh && decomposePar -force"
job add !! /workdir:/openfoam/sloshingTank3D /name:task2 /stdout:${CCP_JOBID}.${CCP_TASKID}.log /depend:task1 /numcores:%CORE_NUMBER% /env:CCP_MPI_HOSTFILE_FORMAT=1 "source /openfoam/settings.sh && mpirun -machinefile $CCP_MPI_HOSTFILE interFoam -parallel"
job add !! /workdir:/openfoam/sloshingTank3D /name:task3 /stdout:${CCP_JOBID}.${CCP_TASKID}.log /depend:task2 "source /openfoam/settings.sh && reconstructPar"
job add !! /workdir:/openfoam/sloshingTank3D /name:task4 /stdout:${CCP_JOBID}.${CCP_TASKID}.log /depend:task3 /numcores:%CORE_NUMBER% /env:CCP_MPI_HOSTFILE_FORMAT=1 "source /openfoam/settings.sh && mpirun -machinefile $CCP_MPI_HOSTFILE foamToEnsight -parallel"
job submit /id:!!

获取结果

  • 在 HPC Pack 2016 群集管理器中检查作业结果

    openfoam

  • 示例 sloshingTank3D 的结果生成为文件，该文件\\hpc6267\openfoam\sloshingTank3D\EnSight\sloshingTank3D.case可由 Ensight 查看