Microsoft BizTalk Server 发送和接收实例消息，每个消息通常表示一个或多个业务文档，例如采购订单。 实例消息是由一个或多个架构定义的消息结构的实例。 架构或一个一起使用的架构组定义了有效实例消息的构成。 例如，可以将采购订单定义为在其中有多个记录，例如 ShipTo 记录、BillTo 记录、Items 记录等。 可以定义每个记录以包含其自己的子记录和字段。 相应的架构定义这些记录和字段的潜在内容，相应的实例消息包含实际采购订单，其中包含根据架构结构化的采购订单数据。
BizTalk Server 可以采用可扩展的各种格式发送和接收实例消息，尽管一种格式 XML 具有特殊意义，因为所有消息格式都转换为内部处理格式。 特定 XML 文档使用一组定义完善的起始标记和结束标记（按层次结构排列）来组织消息中的数据，并确定一个数据项的结束位置以及另一个数据项的开始位置。 一个或多个相应的 XML 架构定义允许在其他标记内使用哪些标记，以及使用的顺序，从而规范符合消息的结构。
旧版系统通常使用另一种广泛的格式（称为平面文件格式）。 这些格式使用分隔符（如制表符）和固定长度字段的一些组合来确定一个数据项的结尾和另一个开始的位置。
本部分简要概述了 BizTalk Server 通常处理的这两种类型的消息的结构。